伊崎寺の宗派は天台宗で、山号は「姨倚耶山（いきやさん）」、別名「伊崎不動」とも呼ばれ、修験道の場としても知られています。 

寺の伝承によれば、修験道の開祖とされる役小角（役行者）がこの地を訪れ、「猪先（いさき）」という名をつけたのが起源といわれます。 

その後、貞観年間（859〜876年）に相応和尚によって寺院が整備され、葛川の滝で得た不動明王を本尊としたのが本格的な寺の始まりとされています。これにより千年以上の歴史を持つ寺院とされています。 

周辺地域は山岳修験の中心地として、他の天台系寺院とともに修験道の拠点でした。

伊崎寺で最もよく知られているのが、毎年8月1日に行われる「伊崎の棹飛び」です。 

内容としては、琵琶湖に突き出した長さ約13〜15 mの角材（木の竿／棹）の先端から、行者（または修行僧）が約7 m下の湖面に飛び込む「飛び込み」の儀式になります。